في سنة 1924م فكر بعض أقباط الزيتون فى بناء كنيسة؛ لأنه لم يكن فى هذة الضاحية الكبيرة أي كنيسة على الإطلاق، فلجأوا إلى المرحوم الأستاذ خليل إبراهيم.. وكان غنياًّ وطلبوا منه التبرع بقطعة أرض لبناء الكنيسة فوعدهم بذلك.. وبدأوا يجمعون التبرعات، وفي أثنائها توفي المرحوم خليل إبراهيم، فتقدم الأقباط بما جمعوه وقدره450 جنيهاً إلى الأستاذ توفيق خليل نجل المرحوم خليل إبراهيم، فاعتذر عن قبول المبلغ وطالب بإعادة ما جُمِع إلى أصحابه، وقال للمجتمعين به:إن والده كان معتزماً أن يبني الكنيسة على نفقته الخاصة، ولذلك سألتزم نيابة عنه بتنفيذ هذه الرغبة...
اتفق الأستاذ توفيق خليل مع مهندس إيطالي يسمى ليموفيلي لكي يصنع تصميم كنيسة السيدة العذراء بالزيتون على نسق كنيسة القديسة أجيا صوفيا بالقسطنطينية.
وتم بناؤها سنة 1925م، وقام بتدشينها المطوب الذكر المتنيح الأنبا أثناسيوس مطران بنى سويف.. وأول كاهن خدم بالكنيسة هو المتنيح القمص دانيال مسيحة.
وأما مساحة كنيسة الظهور فهي250 متراً مربعاً، ولها خمس قباب، الوسطى الكبرى ترتفع عن الأرض 17 متراً ولها شبابيك تفتح على صحن الكنيسة ويعلوها صليب كبير.. أما الأربع قباب الأخرى فأقل حجماً وترتفع 12 متراً عن الأرض ولها فتحات ولكنها غير متصلة بالكنيسة، فأرضها تكون سقف الكنيسة.
وبداخل الكنيسة أيقونات كثيرة للسيدة العذراء، والملائكة، والقديسين.وقد تم رسم أيقونات جديدة بها مع ظهور السيدة العذراء بالكنيسة مثل صورة السيدة العذراء بالقبة الرئيسية بالكنيسة، وكذلك بعض الأيقونات التى أهديت للكنيسة من الإمبراطور هيلاسيلاسي عند زيارته للكنيسة
و قد صار شعب الكنيسة مقدراً بالآلاف منذ تجلي السيدة العذراء بها بعد أن كانت الكنيسة مصممة لأن تسع أفراد عشرين أسرة على الأكثر
.
و من بركات تجلي السيدة العذراء بالكنيسة، أنه قد صارت أرض جراج هيئة النقل العام المقابلة لكنيسة الظهور المكان الذي بنيت عليه كاتدرائية كبيرة، والتى تعد الآن ثاني أكبر كاتدرائية من حيث المساحة فى الشرق الأوسط.
و قد وضع حجر الأساس لها قداسة البابا شنودة الثالث يوم الخميس 25 مارس 1976م
وقد شيدت بالكنيسة مستشفى، ودور للمسنين والمغتربين ومبانى للخدمات.